Martin Habelt hat Betriebswirtschaft an der Fachhochschule Würzburg-Schweinfurt studiert. Von 1994 bis 1997 war er im Auftrag des Missionswerkes in Bayern als Schatzmeister der Süd-Diözese der Ev.-Luth. Kirche in Tansania tätig. Im Jahr 1998 übernahm er die Aufgabe des Finanzsekretärs des Lutheran Mission Cooperation (LMC) in Tansania.
Er ist verheiratet und hat 2 Kinder.